در طول تاریخِ حیاتِ حوزه های علمیه شیعی «استقلال» و عدم وابستگی به دولت ها، موضوعی حیاتی برای حوزویان بوده است. این استقلال موجب شده است مراجع و فقهای شیعه نه تنها اسلام و احکام اسلامی را در پای قدرت و قدرتمندان ذبح نکنند، بلکه تلاش های شهادت طلبانه شان دستگاه سیاسی و حاکمان ظالم را به چالش کشانده و در ذهنیت تاریخی جامعه حک کرده است که آنان پناهگاه مردمان و مظلومان بوده اند. امتیاز استقلال حوزه های علمیه شیعه برگ درخشانی است که حوزه به خود می بالد؛ ولی آیا این استقلال در جمهوری اسلامی همانند نظام های سیاسی پهلوی و قاجاری می تواند مسئله ما باشد. ازاین رو نویسنده تلاش کرده است با نگاهی تحلیلی به این مسئله بپردازد.